국세청이 2009년 이후 기업에 부과한 종합부동산세(종부세) 중 일부가 이중과세에 해당된다는 대법원 첫 판단이 나왔다.

이 판단이 최종 확정될 경우 소송을 제기한 기업들은 세금을 일부 환급받을 수 있게 되고, 세금을 되돌려 받기 위한 추가 소송까지 예상된다. 신고 납부의 경우 3년의 기한 내 이의를 제기할 수 있지만, 종부세 납부고지서대로 납부한 경우에는 고지서를 받은 뒤 90일 이내에 이의를 제기해야만 환급을 요구할 수 있다.

대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 국민·우리·신한 은행, 한국전력공사, KT 등 25개 기업이 "종부세 부과 처분을 취소해달라"며 각 관할 세무서 17곳을 상대로 낸 소송에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 12일 밝혔다.

재판부는 종부세법의 기본 취지가 세액 계산 시 이중과세를 피하기 위해 재산세를 공제하도록 한 것이라고 판단했다. 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데 취지가 있다는 것이다.

재판부는 판결문에서 "종부세법 및 종부세법 시행령의 개정 경위·취지 등에 비춰보면 종전 시행령이 변경됐다하더라도 재산세액을 공제하는 기본 취지에는 변화가 없다"며 "개정 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이라고 볼 수 없다"고 지적했다.

재판부는 이에 따라 국세청이 부과한 종부세가 이중과세에 해당된다고 판단해 적법한 처분을 내리지 않았다고 판단했다. 공정시장가액 비율을 곱한 금액이 아닌 과세기준을 넘어선 금액 전부를 공제해야 한다는 것이다.

재판부는 그러면서 "원심은 종부세 과세에서 공제되는 재산세액 계산방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다"고 판시했다.

앞서 국세청은 지난 2009년부터 개정된 종부세법과 시행령에 따라 공제되는 제산새액을 계산했다. 과세기준을 넘어선 금액에 대해 현행 80%인 공정시장가액 비율을 곱한 금액만 공제하고 나머지는 공제하지 않는 방식이다.

이에 국민·우리·신한은행, 한국전력공사, KT 등 25개 기업은 "이중과세에 해당된다"고 주장하며 이 사건 소송을 냈다.

1심 재판부는 "공정시장가액을 곱한 금액만 공제하고 나머지 세액은 공제하지 않는 것은 이중과세에 해당해 위법하다"며 기업의 손을 들어줬다.

하지만 2심 재판부는 "이중과세의 문제가 발생하지 않는다"며 1심 판결을 깨고 기업의 손을 들어줬다.

서울고법 파기환송심에서 대법원 판단이 최종 확정될 경우 이번 소송을 제기한 기업들은 180여억원의 세금을 돌려받을 수 있게 된다.